Pada awal berdirinya, Universitas Muhammadiyah Semarang (UNIMUS) adalah Perguruan Tinggi Kesehatan Muhammadiyah Semarang (PTKMS) yang telah berdiri sejak tahun 1982, terdiri dari 3 akademi yaitu : Akademi Keperawatan, Akademi Gizi dan Akademi Analis Kesehatan. Dengan tujuan untuk mengembangkan Amal Usaha Muhammadiyah, mulailah dirintis pendirian Universitas Muhammadiyah Semarang.
Pada tanggal 14 Agustus tahun 1999 Universitas Muhammadiyah Semarang resmi berdiri dengan Surat Keputusan Mendikbud nomor 139/D/O/1999.
Berdasarkan Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Semarang nomor : No. III.B/1.a/187/2001 tentang Penggabungan Akademi-Akademi di Lingkungan Perguruan Tinggi Muhammadiyah di Semarang yang meliputi : Akademi Keperawatan, Akademi Gizi, DAN Akademi Analis Kesehatan bergabung dengn Universitas Muhammadiyah Semarang.
Selanjutnya pada perkembangannya UNIMUS memiliki 22 program studi, yaitu:
1. S1 Kesehatan Masyarakat
2. S1 Pendidikan Bahasa Inggris
3. S1 Pendidikan Matematika
4. S1 Pendidikan Dokter
5. S1 Teknologi Pangan
6. S1 Ilmu Keperawatan
7. S1 Ilmu Gizi
8. S1 Sastra Inggris
9. S1 Akuntansi
10. S1 Statistika
11. S1 Manajemen
12. S1 Teknik Mesin
13. S1 Teknik Elektro
14. D4 Analis Kesehatan
15. D3 Bahasa Inggris
16. D3 Teknik Mesin
17. D3 Akuntansi
18. D3 Kebidanan
19. D3 Analis Kesehatan
20. D3 Keperawatan
21. D3 Gizi
22. Profesi Ners
Saat ini sedang proses pendirian program studi Kedokteran Gigi dan Pendidikan Kimia. Hingga saat ini, Universitas Muhammadiyah Semarang telah berkembang menjadi salah satu Universitas terkemuka di Jawa Tengah, dengan indeks perkembangan yang cukup pesat sebagai suatu institusi pendidikan tinggi, yang berkampus di Lima Lokasi :
1. Kampus Wonodri
2. Kampus Kasipah
3. Kampus Terpadu Kedungmundu
4. Kampus Kedungmundu II
5. Kampus Wonolopo
Universitas Muhammadiyah Semarang mempunyai visi sebagai Universitas Unggul dan Islami.